Nach den Ereignissen von Resident Evil: Retribution ist die Menschheit kurz davor, endgültig ausgelöscht zu werden. Alice ist die einzige die den Angriff der Untoten und B.O.W's in Washington D.C. überlebt hat. Nach einem Kampf mit einem B.O.W, ist Alice in einem Bunker gegangen und trifft dort auf die Red Queen. Diese erzählt das die restlichen verbleibenden menschlichen Siedlungen auf der Welt bald ausgelöscht werden durch die Umbrella Corporation. Die Red Queen hat Alice eine neue Zeit genannt bis die Menschheit vollkommen ausgelöscht würde und Alice erfährt dass die Umbrella Corporation ein über Luft übertragbares Anti-Virus erschaffen hat, welches alles was mit den T-Virus infiziert ist, sofort tötet wenn es Kontakt mit der Luft hat, wenn es frei gelassen wird. Dafür muss Alice aber wieder nach City zurück in den Hive, dort ist auch Albert Wesker, der auch verantwortlich ist, das alle Soldaten in D.C getötet wurden.
Auf dem Weg nach Raccoon City, hat Alice mit ihr Auto ein Unfall und muss zu Fuss weiter, aber ihr wird es immer schlechter durch das T-Virus und nach etwas laufen landet sie in eine Falle der Umbrella Corporation und wird von Soldaten der Umbrella verprügelt, welche sie aber töten kann. Als Alice ein Motorrad von Umbrella starten will, dass in der Nähe ist und bekommt sie einen elektrischen Schlag und wird ohnmächtig. Sie erwacht in einem Panzer von Umbrella und trifft auf Dr. Isaacs (der Isaacs in Extinction war nur ein Klon). Alice versucht Isaac zu überreden die Menschen in Ruhe zu lassen und das Anti-Virus frei zu lassen, aber Isaac hat erzählt das die Säuberungs Aktion schon längst erledigt sein sollte aber Alice hat sie zu viel Zeit gekostet und als Isaac heraus finden will wer Alice vom Anti-Virus erzählt hat, aber Alice dies nicht verrät, lässt Isaac sie an Handschellen hinterm Panzer laufen lassen wo eine Arme von Untoten sie verfolgt. Alice kann sich befreien und mit den Motorrad ab hauen in dem sie Isaac die linke Hand abschneidet. In Raccoon City angekommen Fährt Alice in eine Falle und wird bewusstlos, als sie wider aufwacht ist sie in einer Menschen Siedlung die von Clair Redfild angeführt wird, sie wurde nach den Angriff auf der Arcaidia gefangen genommen, aber konnte sich befreien, den Piloten töten und ist in Raccoon City abgestürzt, Doc Clears Freund und andere haben sie aus den Trümmern des Flugzeug gerettet.
Alice hat alle gewarnt vor Isaac, aber sie haben beschlossen ihn auf zu halten und sie bekommt wieder schmerzen durch das T-Virus. Nach einen Kampf mit der Umbrella und den Untoten war Isaac der einzige der fliehen konnte, als zwei weitere Armeen zu ihnen kommen haben Alice, Clair, Doc und Fünf weitere sich entschlossen in den Hive zu gehen, durch den Krater, der durch die Rakete erschaffen wurde wollen sie zum Hive gelangen. Im Krater aktiviert Wesker eine Falle Cerberus, die um sie auf zu halten, 2 werden im Krater von Cerberus, Hunde B.O.Ws getötet. Im Hive angekommen in dem Windluft Schacht taucht die Red Queen auf und erzählt als das T-Virus ausgebrochen ist das ein Dokument auf sie hoch geladen wurde das ein Video über die Führung Riege von Umbrella beinhaltet wo Isaac ihnen erzählt das durch Unaufhaltsames Bevölkerung Wachstum, Kriegen und Atommächte die sie nicht kontrollieren können der Welt unterging nicht aufzuhalten ist, Isaac schlägt vor das T-Virus frei zu lassen um alle Menschen zu töten die nicht für Umbrella arbeiten um eine bessere Welt zu erschaffen die sie kontrollieren, durch diese Vidio gab es in der Red Queen ein Konflikt, sie wurde erschaffen um der Umbrella Corporation zu dienen aber auch Menschliches Leben zu erhalten, Die Queen kann keinen Umbrella mit Arbeiter schaden zu fügen und deswegen braucht die Queen Hilfe von Alice, die Queen erzählt Alice heimlich noch das Umbrella einen Spion in Raccoon City hat und das er jetzt neben ihr steht. Derweil hat Isaac die zweite Truppe von Panzern erreicht wo mit sie weiter nach Raccoon City fahren.
Beim weiter gehen verlieren sie 2 weitere Leute durch Turbinen und Bodenfallen, dann werden sie noch getrennt, in einen Raum wo Alice und noch jemand aus den Team landen, aber der aus den Team wird durch ein B.O.W getötet, Alice hat es dann getötet und als sie es getötet hat taucht Doc bei Alice auf und beide gehen weiter und tauchen in der Leser Kammer der Red Queen auf und gehen weiter zum Überwachung Raum wo noch Waffen und Sprengstoff aus den ersten Teil noch da sind und beide fahren durch ein Fahr Stuhl der das Überwachungs Raum ist weiter runter in dem Hive wo Tausende Kryogenische Kühlkammern sind wo die Führungsriege von Umbrella warten bis die Apokalypse zu Ende ist. Alice und Doc machen Sprengstoff an den Kamern dran. Isaac hat alle im Panzer getötet und fährt in den Krater, aber durch den Sturz kann der Panzer nicht mehr weiter fahren und Lockt die Arme der Untoten zum Hive. Durch den weiteren vorrücken von Alice und Doc ,weckt Wesker denn echten Isaac auf und Alicia. derweil befreit sich Clear aus einer Zelle aber wird von Wesker verfolgt. In den den unteren Teil vom Hive angekommen wartet Isaac schon auf Alice und Doc, als Isaac wollte das Alice die Waffe fallen lässt hat er gedroht das Anti-Virus fallen zu lassen und das es dann sich nicht mehr an der Oberfläche verteilen kann, dadurch hat Alice die Waffe fallen gelassen, aber Doc hat Alice mit seiner Waffe auf sie gezielt und hat sich als Spion der Umbrella Corporation herausgestellt, Wesker ist mit Clear der er eine Waffe vor den Kopf holt auch im Raum aufgetaucht. Alice wollte wissen ob er der echte Isaac ist und er ist Isaac der Echte, jeder andere war nur ein Klon die dachten das sie die echten sein würden weil sie sich dann noch mehr angestrengt haben, sogar bis in ihren Tod. Isaac hat dann Alice erzählt das sie auch nur ein Klon ist und die Ächte Alicia Marcus ist und das Alicia die Datei auf die Red Queen hoch geladen hat und dass die Red Queen auch von Alicia abstammt ihre Stimme und Körper. Alicia will die Menschen retten und hat deswegen die Datei hoch geladen, Alicia wollte das Wesker aufhört, aber der nur Befehle von Isaac an nimmt darauf feuert Alicia Wesker der dann von der Red Queen aufgehalten wird in dem sie Wesker ein Bein mit der Tür zerquetscht darauf haut Isaac ab und Doc der feuern wollte hat keine Munition weil Alice in für den Spion gehalten hat und darauf wird Doc von Clear erschossen, Wesker der Langsam stirbt bekommt von Alice den Detonator in die Hand und wenn er los lässt alles explodiert. Alice und Clear verfolgen Isaac zum Fahrstuhl wo sie Kämpfen Clear wird von Isaac ausgenockt, wo dann Alice und Isaac noch kämpfen, Alice wird in den Laser Raum geworfen den Isaac dann aktiviert, Alice kann den Lasern ausweichen wo Isaac dann selbst erledigt. Alice ist gegen Isaac nicht mächtig genug und verliert drei ihrer Finger aber bei diesen Ereignis tut Alice eine Granate in Isaac's Jackentasche die explodiert, Alice nimmt sich das Anti-Virus und geht zur Oberfläche nach dem sie Clair nachgefragt hat ob es ihr gut geht, derweil startet Isaac neue durch seine Verbeserungen an sich. Alicia überträgt ihre Erinnerungen auf die Red Queen. An der Oberfläche lässt Alice die Anti-Virus Flasche fallen, aber der echte Isaac schnappt sich noch die Flasche und richtet eine Waffe auf sie, dann taucht der Isaac Klon auf mit der Unoten arme als der Klon auf Isaac trift und Isaac noch sagt dass er das Orginal ist rastet der Klon aus und ersticht Isaac der Klon wird dann von den Untote gefressen Alice, die vom Leichnam vom echten Isaac die Anti-Virus Flasche genommen lässt die auf den Boden fallen und alle Untote in ihrer Umgebung werden getötet und Alice fällt auch um. Wesker lässt den Detonator fallen der den unteren Teil des Hive's explodieren lässt, aber auch Alicia wird durch die Explosion getötet Alice wacht durch die Rufe von Clair wieder auf, sie und Clair erfahren das die Red Queen die Angriffe auf die restlichen verbleibenden Menschlichen Siedlungen auf halten konnte als Isaac gestorben ist und Alice erfährt das sie überlebt hat weil nur dass T-Virus in ihren Körper vernichtet wurde aber die gesunden Zellen unberührt wurden und sie bekommt noch alle Erinnerungen von Alicia. Man erfährt dass das Anti-Virus Jahre braucht bis es durch die Luft überall auf der Welt verbreitet ist und Alice bis dahin noch viel zu tun hat.